Первое упоминание об Останкине встречается в письменных источниках XVI столетия — в межевой книге 1558 года ближнего села Ростокина было записано о размере подушной подати останкинских крестьян, принадлежавших служилому человеку Алексею Сатину. Останкино упоминается и в духовной грамоте царя Ивана Грозного 1572 года, в которой он завещает Останкино («Осташково на суходоле», как оно тогда называлось) царице Анне Колтовской, своей четвертой жене, которая, впрочем, пробыла царицей всего несколько месяцев. «Царица Анна скоро утратила нежность супруга, своим ли бесплодием, или единственно по тому, что его любострастие, обманывая закон и совесть, искало новых предметов наслаждения», — пишет Н.М. Карамзин.

Есть сведения, что какое-то время Останкиным владел немец Орн. В 1584 году оно уже принадлежало дьяку Василию Щелкалову — хранителю государственной печати, с именем которого связаны первые сооружения в Останкинской вотчине: при Щелкалове здесь были построены боярский двор и деревянная Троицкая церковь, выкопан пруд и посажены дубовые и кедровые рощи.