Старинное село Красное, Пахово тож, на реке Пахре, судя по археологическим данным, существовало уже в XVI столетии. В 1627—1628 годы Красное принадлежало боярину князю Ивану Борисовичу Черкасскому. Уже в то время здесь существовал «двор боярский с деловыми людьми и двор конюшенный». За Пахрой, на Калужской дороге, «на перевозе», стояли «3 двора бобыльских», где жили четыре человека. В 1646 году Красное унаследовал боярин князь Яков Куденетович Черкасский — известный деятель первой половины XVII столетия, племянник И.Б. Черкасского.
Спустя два года Красное перешло к боярину князю Илье Даниловичу Милославскому (его дочь стала первой женой царя Алексея Михайловича), а от него — к его племяннику, князю
Ивану Михайловичу Милославскому (?—1685) — ярому противнику молодого Петра и его родственников Нарышкиных, одному из организаторов стрелецкого восстания 1682 года.
После смерти И.М. Милославского вотчину унаследовал грузинский царевич Александр Арчилович Имеретинский, женатый на Федосье Михайловне Милославской. «Сей царевич, быв ровесником и с младых лет наперсником» Петра I, состоя на русской службе, попал в плен под Нарвой и умер в шведском плену.

При царевиче Имеретинском в Красном был выстроен двор вотчинников, а уже в бытность его в плену, по заказу отца его, имеретинского царя Арчила Вахтанговича, в ту пору жившего в Москве, в 1706 году была возведена церковь Св. Иоанна Богослова. Северный придел и притвор с парными колокольнями пристроены к зданию церкви много позднее, в XIX веке.
После смерти царевича Александра в 1711 году Красная Пахра перешла к его родной сестре, царевне Дарье Арчиловне. По ее духовному завещанию в 1728 году имение унаследовала ее племянница Софья, бывшая замужем за князем грузинского происхождения Егором Леонтьевичем Дадьяном.
С 1730-х годов Красным владело семейство Салтыковых. При них в первой половине XVIII столетия сформировался усадебный ансамбль Красного. Первоначально все его постройки были созданы в стиле барокко. Тогда же был разбит регулярный парк с пятью прудами геометрической формы: круглыми и прямоугольными, соединенными каналами. Помимо декоративного значения эти пруды служили живорыбными садками.
Главный усадебный дом с флигелем, сооруженный в середине XVIII века, спустя сто лет был перестроен, при этом его фасады были оформлены в стиле неоклассицизма.
С 1756 по 1801 год владелицей усадьбы была Дарья Николаевна Салтыкова (урожденная Иванова, 1730—1801) — знаменитая «Салтычиха». После смерти мужа, гвардии ротмистра Глеба Алексеевича Салтыкова, она стала единоличной владелицей обширных ивановских и салтыковских вотчин.

Дарья Салтыкова, судя по всему, страдала редкой, но достаточно известной формой извращений — нечто вроде садо- лесбиянства. Этот «изверг женского пола и человечества» находил удовольствие в собственноручных садистских пытках девушек и молодых женщин, причем в списке убитых Салтычихой людей значатся две девочки 11 и 12 лет. Всего же Салтычиху подозревали в убийстве более ста человек (знаменитый маньяк Чикатило убил «только» 55 человек). Назывались цифры 138 или 139 человек. Салтычихины дворовые называли имена 75 убитых — 3 мужчин и 72 женщины (а также один грудной младенец — его по приказу Салтычихи зимой бросили на тело убитой матери, которую повезли хоронить в подмосковное Троицкое). Следственная комиссия сумела доказать факт убийства 38 человек, «в подозрении» остались 26 фактов, «не ей» приписана смерть 10 человек, и в одном случае Салтычиха была оправдана. При этом «безвестно отсутствовали» еще 72 лица, считать которых «убитыми или умершими за сумнительство почтено».
Справедливости ради следует отметить, что Салтычиха — не единственная известная вельможная садистка. Подобной же формой психических отклонений страдала жившая в XVII веке в Венгрии графиня Эржебет Батори — «Кровавая Эржебет», зверски убившая около трехсот молодых женщин.